Un aumento en el estado trófico se produce por un proceso de enriquecimiento de nutrientes en los cuerpos de aguas superficiales, debido a la utilización de productos químicos como fertilizantes en las actividades agropecuarias, los cuales a causa de la escorrentía se acumulan en masas de aguas aledañas llegando a producir incluso fenómenos de eutrofización. La presente investigación consta de la modelación numérica del transporte de nutrientes utilizada para analizar el estado trófico de la Ciénaga de Betancí; se tomaron muestras de agua para el análisis de nitrógeno total, fósforo total, nitrógeno amoniacal, nitratos, nitritos, fosfatos, clorofila-a, oxígeno disuelto, DBO, DQO, sólidos suspendidos y transparencia del agua durante las temporadas seca y de lluvias; se evaluaron índices de estado trófico en los cuales se evidenció el cambio de estado mesotrófico en época seca a medianamente eutrófico e hipereutrófico en época húmeda. Se implementó el modelo hidrodinámico y de calidad de agua MOHID Studio 2016® que fue calibrado y validado logrando un ajuste adecuado de los datos calculados con relación a los medidos, lo que permitió simular escenarios de aumento y disminución de nutrientes y caudales entrantes a la ciénaga a través de sus afluentes principales. Los resultados muestran que, con excepción del fósforo, las variaciones en la concentración de nitrógeno total y aumentos de caudales presentan consecuencias a corto plazo sobre el estado trófico de la ciénaga, especialmente en la zona suroriental donde se encuentran los afluentes de mayor aporte y se ejecutan con mayor intensidad actividades agropecuarias.