En el presente trabajo se realizó una hidrólisis asistida por microondas (EAM) para la extracción de pectina de la cáscara de la maracuyá (Passiflora edulis flavicarpa) variando el tiempo, potencia del microondas y concentración de la solución de HCl. En el análisis estadístico se empleó un diseño completamente aleatorizado (CDA) con arreglo factorial 33, se hicieron muestras por triplicado para cada tratamiento y se realizó un estudio de análisis de varianza (ANOVA) con un nivel de significancia de 5%, a través del software STATGRAPHICS CENTURION XV, obteniendo que el mejor tratamiento fue un tiempo de 100 segundos, potencia 1000 Vatios y concentración de la solución de HCl 0,24 N. El rendimiento obtenido con el mejor tratamiento fue del 68,733 % de pectina en base húmeda, lo que supera los resultados esperados. El porcentaje del contenido de metoxilo fue del 6,863% que la clasifica como pectina de bajo metoxilo, el análisis de costos realizado al mejor tratamiento indicó que el costo total extraer a nivel laboratorio 13,746g de pectina es de COP 1.930,7 (pesos colombianos).