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Estudio por acoplamiento molecular del sitio de unión de potenciales inhibidores de Niemann Pick C1 involucrada en la transmisión del virus del Ébola

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dc.contributor.advisorEnsuncho Muñoz, Adolfo Enriquespa
dc.contributor.authorBravo Rubio, Yarelys Patricia
dc.contributor.educationalvalidatorJesus Manuel López Ochoa
dc.date.accessioned2022-07-22T03:46:32Z
dc.date.available2022-07-22T03:46:32Z
dc.date.issued2022-07-21
dc.description.abstractIn this work, potential inhibitors of Ebola virus transmission were designed by analyzing the binding site of the Niemann Pick C1 protein, by means of molecular docking. For this investigation, a study of the binding site of the protein with cholesterol was carried out using the programs protein plus and CASTp; Following this, the validation of the method was carried out using the Ligplot + and USCF Chimera software. Subsequently, molecules from other investigations were taken to study their interactions and based on this, new molecules were designed to which molecular coupling was applied to be able to choose the molecules with the best binding energies and finally a study was carried out on this selected group. Of the pharmacokinetic properties by means of Swiss ADME. Structures 18(a) and 22(b) presented the best results in the bioavailability radar, both present a high gastrointestinal absorption, comply with the Lipinski rules and their values are within the established parameters, thus considering these molecules with great potential as inhibitors of the Ebola virus.eng
dc.description.degreelevelPregradospa
dc.description.degreenameQuímico(a)spa
dc.description.modalityTrabajos de Investigación y/o Extensiónspa
dc.description.resumenEn este trabajo se diseñaron potenciales inhibidores de la transmisión del virus del Ébola mediante el análisis del sitio de unión de la proteína Niemann Pick C1, por medio de acoplamiento molecular. Para esta investigación se hizo un estudio del sitio de unión de la proteína con el colesterol usando los programas protein plus y CASTp; seguido a esto se realizó la validación del método utilizando los softwares Ligplot + y USCF Chimera. Posteriormente, se tomaron moléculas de otras investigaciones para estudiar sus interacciones y con base a esto se diseñaron nuevas moléculas a las cuales se les aplicó acoplamiento molecular para poder escoger las moléculas con mejores energías de unión y finalmente a este seleccionado grupo se les realizó un estudio de las propiedades farmacocinéticas por medio de Swiss ADME. Las estructuras 18 (a) y 22(b) presentaron los mejores resultados en el radar de biodisponibilidad, ambas presentan una alta absorción gastrointestinal, cumplen con las reglas de Lipinski y sus valores están dentro de los parámetros establecidos, considerándose así estas moléculas con gran potencial como inhibidores del Virus del Èbola.spa
dc.description.tableofcontents1. Introducción.....................................................................................................................................10spa
dc.description.tableofcontents2. Antecedentes...................................................................................................................................12spa
dc.description.tableofcontents2.1 Aspectos Bioquímicos................................................................................................................13spa
dc.description.tableofcontents2.1.1 Filovirus.................................................................................................................................................13spa
dc.description.tableofcontents2.1.2 El EBOV.................................................................................................................................................13spa
dc.description.tableofcontents2.1.3 Proteína Niemann pick C1 (NPC1).......................................................................................14spa
dc.description.tableofcontents2.1.4 Reglas de Lipinski................................................................................................................15spa
dc.description.tableofcontents2.1.5 Propiedades farmacocinéticas (ADME).........................................................................16spa
dc.description.tableofcontents2.1.6 Toxicidad..............................................................................................................................................17spa
dc.description.tableofcontents2.1.7 Dosis tóxicas y clases de toxicidad....................................................................................18spa
dc.description.tableofcontents2.2 Aspectos computacionales....................................................................................................18spa
dc.description.tableofcontents2.2.1 Química Computacional..........................................................................................................18spa
dc.description.tableofcontents2.2.2 Mecánica Molecular (MM).............................................................................................19spa
dc.description.tableofcontents2.2.3 Campos de fuerza universales (UFF).....................................................................20spa
dc.description.tableofcontents2.2.4 Diseño de fármacos asistido por computadora (DiFAC)..........................20spa
dc.description.tableofcontents2.2.5 Acoplamiento Molecular.................................................................................................21spa
dc.description.tableofcontents2.2.6 Paquete computacional Autodock Vina..............................................................23spa
dc.description.tableofcontents3. Objetivos..............................................................................................................................................25spa
dc.description.tableofcontents3.1 Objetivo General.............................................................................................................................25spa
dc.description.tableofcontents3.2 Objetivo Específico........................................................................................................................25spa
dc.description.tableofcontents4. Metodología.......................................................................................................................................25spa
dc.description.tableofcontents4.1 Construcción y optimización de la geometría de los ligantes........................25spa
dc.description.tableofcontents4.2 Acondicionamiento del dominio de la proteína NPC1.........................................26spa
dc.description.tableofcontents4.3 Redocking molecular (Estudio de validación)...........................................................26spa
dc.description.tableofcontents4.4 Acoplamiento molecular .........................................................................................................26spa
dc.description.tableofcontents4.5 Análisis en Ligplus.........................................................................................................................28spa
dc.description.tableofcontents4.6 Estudio ADME de las moléculas propuestas...............................................................28spa
dc.description.tableofcontents4.7 Estudio teórico del riesgo de toxicidad de las estructuras propuestas (Mutagenicidad, Tumorigenicidad, Irritación y Reproducción)............................................................................................................................................28spa
dc.description.tableofcontents5. Resultados y discusión................................................................................................................28spa
dc.description.tableofcontents5.1 Construcción y optimización de la geometría de los ligantes.........................28spa
dc.description.tableofcontents5.2 Acondicionamiento del dominio de la proteína NPC1..........................................32spa
dc.description.tableofcontents5.3 Validación del método.................................................................................................................33spa
dc.description.tableofcontents5.4 Modelado de acoplamiento molecular de la NPC1 y los ligandos.................35spa
dc.description.tableofcontents5.5 Análisis de interacciones............................................................................................................38spa
dc.description.tableofcontents5.6 Estudio de las propiedades farmacocinéticas (ADME)..........................................41spa
dc.description.tableofcontents5.7 Estudio teórico del riesgo de toxicidad de las estructuras propuestas......46spa
dc.description.tableofcontents6. Conclusiones y recomendaciones........................................................................................47spa
dc.description.tableofcontents6.1 Conclusiones........................................................................................................................................47spa
dc.description.tableofcontents6.2 Recomendaciones...........................................................................................................................48spa
dc.description.tableofcontentsA. Anexos ...................................................................................................................................................48spa
dc.format.mimetypeapplication/pdfspa
dc.identifier.urihttps://repositorio.unicordoba.edu.co/handle/ucordoba/6150
dc.language.isospaspa
dc.publisherUniversidad De Córdobaspa
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias Básicasspa
dc.publisher.placeMontería, Córdoba, Colombiaspa
dc.publisher.programQuímicaspa
dc.rightsCopyright Universidad de Córdoba, 2022spa
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessspa
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)spa
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/spa
dc.subject.keywordsDocking moleculareng
dc.subject.keywordsEbolaeng
dc.subject.keywordsDrugseng
dc.subject.keywordsInhibitorseng
dc.subject.keywordsNiemann Pick C1eng
dc.subject.proposalAcoplamiento Molecularspa
dc.subject.proposalÉbolaspa
dc.subject.proposalFármacosspa
dc.subject.proposalInhibidoresspa
dc.subject.proposalNiemann pick C1spa
dc.titleEstudio por acoplamiento molecular del sitio de unión de potenciales inhibidores de Niemann Pick C1 involucrada en la transmisión del virus del Ébolaspa
dc.typeTrabajo de grado - Pregradospa
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fspa
dc.type.contentTextspa
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisspa
dc.type.redcolhttps://purl.org/redcol/resource_type/TP
dc.type.versioninfo:eu-repo/semantics/submittedVersionspa
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dspace.entity.typePublication
oaire.accessrightshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2spa
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