Publicación: Diseño y validación de un kit in-house para el aislamiento de ácido ribonucleico de SARS-CoV-2
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Resumen en español
Objetivo. Desarrollar diferentes formulaciones del prototipo de kit in house para el aislamiento de ácido ribonucleico de SARS-CoV-2. Materiales y Métodos. Se realizó un estudio experimental donde se utilizaron 78 muestras criopreservadas de hisopados nasofaríngeos recolectadas entre los años 2021 y 2022; pertenecientes al banco de muestras del Instituto de Investigaciones Biológicas del Trópico con diagnóstico confirmado a través de RT-PCR Multiplex para COVID-19. Estas muestras habían sido extraídas previamente con un kit comercial el cual usa columnas de sílice; por lo que fue considerado como kit de referencia para realizar la validación del kit in house. Este estudio incluye el diseño y elaboración de las formulaciones de cada uno de los reactivos del prototipo de kit in house; el cual tiene como ingrediente activo el Isotiocianato de guanidino; además, se realizará el diseño y desarrollo del protocolo para la extracción de ARN utilizando el método de extracción orgánica. Finalmente, se validará el prototipo diseñado, realizando comparaciones de la cuantificación del ARN extraído y de los ciclos de detección de SARS-CoV-2 por medio de RT-PCR Multiplex en tiempo real, frente al kit de referencia; evaluando finalmente, parámetros de validación analítica para el kit in house. Resultados. Se espera obtener un kit in house validado en condiciones de laboratorio, con precisión diagnóstica para la detección molecular de SARS-CoV-2; contribuyendo así, al desarrollo de técnicas de diagnóstico confiables. Conclusiones. Se desarrolló un método basado en la extracción orgánica con Isotiocianato de guanidino; con la elaboración de un buffer de lisis de bajo costo, libre de fenol, amigable con el medio ambiente, con una óptima actividad biológica y con aplicabilidad a técnicas de biología molecular para el diagnóstico de SARS-CoV-2.
Resumen en inglés
Objective. To develop different formulations of the prototype in-house kit for the isolation of SARS-CoV-2 ribonucleic acid. Materials and Methods. An experimental study was carried out using 78 samples of nasopharyngeal swabs collected between 2021 and 2022 inthe Biological Research Institute of the Tropics with diagnosis confirmed through RT-PCR Multiplex for SARS-CoV-2. Those samples were previously been extracted with a commercial kit which uses silica columns; therefore and it will be considered our reference kit to validate the in-house kit. This study includes the design and elaboration of the formulations of each of the reagents of the prototype kit in house; which will have as an active ingredient the guanidinium isothiocyanate.In addition, the design and development of the protocol for the RNA extraction will be carried out using the organic extraction method. Finally, the prototype designed will be validated, making comparisons of the quantification of the extracted RNA and the detection cycles of SARS-CoV-2 by means of RT-PCR Multiplex in real time with theinal evaluation of the analytical validation parameters of the kit in house. Results. We expect to obtain an in-house kit validated under laboratory conditions, with diagnostic precision for the molecular detection of SARS-CoV-2, thus contributing to the development of reliable diagnostic techniques. Conclusions. We developed a method based on organic extraction with guanidinium isothiocyanatewith the elaboration of a low-cost lysis buffer, phenol-free andenvironmentally friendly with optimal biological activity and applicability to molecular biology techniques for the diagnosis of SARS-CoV-2.