Examinando por Materia "Population structure"

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    PublicaciónRestringido
    Diversidad genética y estructura poblacional de guayaba (Psidium guajava L.) en Tierralta, Córdoba-Colombia utilizando marcadores microsatélites
    (2020-06-08) Gutiérrez Hernández, María Eugenia; Pardo Pérez, Enrique
    In the present study the genetic diversity and population structure of 36 accessions of guava in the municipality of Tierralta - Córdoba was evaluated using seven microsatellite markers. Aim. This study aimed to evaluate the genetic diversity and population structure of guava (P.guajava) in the municipality of Tierralta –Cordoba using microsatellite type molecular markers. Materials and Methods. The study was carried out from 36 samples of young leaves, the DNA of each sample was extracted by the Mini-prep method with modifications. The seven microsatellite markers were amplified by means of the PCR Touchdown technique, then analyzed on 8% polyacrylamide gel in a vertical electrophoresis chamber. Population genetic parameters: Number of alleles (Na), Effective number of alleles (Ne), Observed heterozygosity (Ho), Expected heterozygosity (He), Fixation index (F), Hardy-Weinberg equilibrium (EHW) and Analysis of molecular variance (AMOVA), were calculated with the GenAlEx 6.5 program, the Polymorphic Information Content (PIC) was determined from Cervus 3.0.7 software. The analysis of the population genetic structure was carried out with the Structure 2.3.4. The Delta-K value was determined in the Structure Harvester software. Results. In the populations studied, an average of 4.0 alleles 5 per locus is found. The average value of the effective number of alleles was 1,345, it was found that the level of expected heterozygosity (He) in guava accessions was 0.175, higher value than the observed heterozygosity (Ho) with an average of 0.075. For the fixation index (F), an average of 0.479 was established. In the Hardy-Weinberg Balance, specific differences were found in the markers. The fixation coefficient of an FIS individual presented average value 0.480, the fixation coefficient of an individual within the total FIT population, presented an average of 0.671 and the value of the fixation coefficient of a subpopulation within the total FST population was 0.404. The value of the analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the greatest molecular variance occurred among individuals with (95%).
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    PublicaciónAcceso abierto
    Diversidad genética y estructura poblacional de Psidium guajava en Valencia Córdoba-Colombia utilizando marcadores moleculares tipo STR’S
    (2024-07-13) Palacio Durango, Camila; Pardo Pérez, Enrique
    Objetivo. El objetivo de esta investigación fue evaluar la variabilidad y estructura genética de P. guajava L. en la población de Valencia del departamento de Córdoba, utilizando marcadores moleculares tipo microsatélites. Materiales y Métodos. Se analizaron 31 accesiones de Psidium guajava L., para la extracción de ADN se utilizó el método Mini-prep con modificaciones a partir de hojas jóvenes deshidratadas. Se evaluaron siete marcadores microsatélites; los productos de amplificación se analizaron mediante electroforesis vertical en geles de poliacrilamida al 8%. Resultados. Se encontraron un total de 26 alelos con un promedio de 3.7 alelos por locus. Las frecuencias alélicas oscilaron entre 0,063 y 0,929. La Heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He) presentó valores promedio de 0.097 y 0.261 respectivamente indicando baja diversidad genética en las accesiones. El índice de fijación (F) presentó una media de 0,607 mostrando un exceso de homocigotos. La prueba de Hardy-Weinberg mostró que dos marcadores presentaron desequilibrios. Conclusión. Los 31 germoplasmas de Psidium guajava L. presentaron una baja diversidad genética reflejada en un alto número de homocigotos y niveles bajos de heterocigosidad. Además, las poblaciones, aunque presentan una diferenciación genética entre sí, tienden a agruparse al proceder de la misma región, lo que sugiere que las accesiones estudiadas corresponden a individuos emparentados.
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    PublicaciónSólo datos
    Estudios preliminares de la estructura genética del perro cimarrón uruguayo usando microsatélites
    (Universidad de Córdoba, 2010-09-01) Gagliardi, Rosa; Llambí, Silvia; García, Cristina; Arruga, María
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    PublicaciónAcceso abierto
    Evaluación de la diversidad y variabilidad genética de guayaba (Psidium guajava) mediante marcadores microsatélites en el municipio de Montería, departamento de Córdoba-Colombia
    (Universidad de Córdoba, 2023-11-08) Ramos Rivero, Elizabeth; Pardo, Enrique; Causil Vargas, Luis Alfonso
    La guayaba (Psidium guajava L.) es un árbol frutal perteneciente a la familia Myrtaceae, cultivada en países tropicales y subtropicales. Sus frutos poseen excelentes propiedades nutricionales y medicinales importantes para la salud humana. Esta especie está ampliamente distribuida en el departamento de Córdoba, a pesar de esto, son escasos los estudios que se han llevado a cabo para conocer su diversidad genética. Por este motivo, el objetivo de esta investigación fue evaluar la diversidad y variabilidad genética de la guayaba (Psidium guajava) usando marcadores microsatélites en el municipio de Montería, departamento de Córdoba-Colombia. Se evaluaron 24 accesiones de P. guajava. Para la extracción de ADN se empleó el protocolo de extracción CTAB 2x con modificaciones. El ADN extraído se amplificó mediante la técnica PCR utilizando siete marcadores microsatélites; los amplicones se analizaron en gel de poliacrilamida al 8%. Se halló un total de 46 alelos con un promedio de 6,5 alelos por locus. Se identificó un total de 28 alelos privados en las poblaciones, los cuales posiblemente se han fijado por distintas fuerzas evolutivas. La población evaluada presentó un promedio de heterocigosidad esperada de 0,572 y la heterocigosidad observada fue menor (0,058). El índice de fijación (F) presentó un promedio total de 0,906, indicando que en Montería hay un exceso de homocigotos. Los valores de PIC permitieron determinar que los marcadores mPgCIR9, mPgCIR11, mPgCIR13, mPgCIR16, mPgCIR19 y mPgCIR22 son altamente informativos, mientras que mPgCIR23 es medianamente informativo. La población de guayaba en Montería presentó una baja diversidad genética dentro de las subpoblaciones, lo cual podría estar relacionado con eventos de endogamia como la autopolinización.