Publicación:
Infección por SARS-COV-2 en un grupo de primates neotropicales bajo el cuidado humano en un centro de manejo ex situ en el departamento de Córdoba, Colombia

Vista sencilla de ítem
dc.contributor.advisorCarrascal Velásquez, Juan Carlos
dc.contributor.advisorTique Salleg, Vaneza Paulin
dc.contributor.authorGarcía Bárcenas, Alfredo Javier
dc.contributor.juryMonsalve Buriticá, Santiago
dc.contributor.juryLópez, Yesica
dc.date.accessioned2023-11-22T01:46:34Z
dc.date.available2024-11-07
dc.date.available2023-11-22T01:46:34Z
dc.date.issued2023-11-21
dc.description.abstractLa pandemia mundial por SARS-CoV-2 se consideró una emergencia internacional de salud pública y una de las peores crisis sanitaria y socioeconómicas a nivel mundial; esto demuestra que las enfermedades zoonóticas emergentes son una importante amenaza para la salud pública humana y deben ser atendidas y tenidas en cuenta ya que la mortalidad en los animales silvestres involucrados puede causar enfermedades graves entre especies que podrían conducir al declive de poblaciones en peligro y causar un desequilibrio ecosistémico. La circulación viral en comunidades silvestres podría tener un papel importante en la emergencia, evolución y mantenimiento de genotipos virales con patogenicidad y virulencia aumentadas, tal como se ha observado en poblaciones de visones americanos (Neovison vison) y ciervos de cola blanca (Odocoileus virginianus) donde la introducción de SARS-CoV-2 por el contacto con humanos infectados llevó al establecimiento de cadenas sostenidas de transmisión. En Colombia, los casos de zoonosis virales no cuentan con una estimación exacta debido al subdiagnóstico de casos de dichas enfermedades en humanos. Algunos estudios realizados en zoológicos han demostrado infección por SARS-CoV-2 con presentación de signos clínicos en Primates no humanos (PNH) que han estado en contacto estrecho con personas infectadas, lo cual se puede explicar dada la cercana relación genética que existe entre PNH y primates humanos (PH). En Colombia la tenencia de fauna silvestre es ilegal, pero el contacto estrecho entre PNH y PH en los centros de manejo ex situ hace probable la infección en PNH, esta no ha sido estudiada en Colombia; convirtiéndose en un riesgo para la salud pública. Objetivo. Evaluar la infección por SARS-CoV-2 en un grupo de primates neotropicales bajo manejo ex situ en el Centro de Atención y Valoración de fauna silvestre (CAV-CVS) en Montería, Córdoba. Materiales y métodos. Se realizó un estudio observacional descriptivo de corte transversal y mediante un muestreo no probabilístico de 44 primates a los que se le tomaron muestras de hisopado nasal, orofaríngeo, sangre total y suero. Se realizó la detección molecular de SARS-CoV-2 por RT-qPCR y prueba de ELISA de doble antígeno multi-especies para la detección de anticuerpos totales dirigidos contra la nucleocápside de SARS-CoV-2 en animales (ID.VET SCREENMR, Francia) Resultados. Los primates incluidos en el estudio fueron: Saguinus oedipus (34%), Cebus capucinus (29,5%), Ateles fusciceps (15,9%), Alouatta seniculus (13,6 %), Ateles hybridus (4,5%) y Aotus griseimembra (2,2%). 13 El 59,1% (n=26) fueron machos y el 40,86% (n=18) fueron hembras. La población valorada correspondió a la categoría joven el 9,7% (n=3) y el 90,3% a la categoría adultos. Los resultados de las pruebas serológicas y pruebas moleculares fueron negativas a SARS-CoV-2 para todos los animales muestreados. Conclusiones. En el actual estudio no se evidenció infección de SARS-CoV-2 en los primates bajo manejo ex- situ evaluados siendo esta la primera evidencia de una vigilancia de SARS-CoV-2 en primates no humanos neo tropicales en Córdoba, Colombia.spa
dc.description.abstractThe global SARS-CoV-2 pandemic was considered an international public health emergency and one of the worst health and socioeconomic crises worldwide; this demonstrates that emerging zoonotic diseases are a major threat to human public health and must be addressed and taken into account as mortality in the wild animals involved can cause serious interspecies disease that could lead to the decline of endangered populations and cause an ecosystem imbalance. Viral circulation in wild communities could play an important role in the emergence, evolution, and maintenance of viral genotypes with increased pathogenicity and virulence, as has been observed in populations of American mink (Neovison vison) and white-tailed deer (Odocoileus virginianus). where the introduction of SARS-CoV-2 through contact with infected humans led to the establishment of sustained chains of transmission. In Colombia, the cases of viral zoonoses do not have an exact estimate due to the underdiagnosis of cases of said diseases in humans. Some studies carried out in zoos have shown SARS-CoV-2 infection with presentation of clinical signs in NHP (Non-Human Primates) that have been in close contact with infected people, which can be explained given the close genetic relationship that exists between NHP and human primates (HP). In Colombia, the possession of wildlife is illegal, but the close contact between NHP and HP in ex situ management centers makes infection in NHP probable, which has not been studied or monitoredNin Colombia; making it a risk to public health. Aim. To evaluate SARS-CoV-2 infection in a group of Neotropical primates under ex situ management at the Center for Attention and Valuation of Wildlife (CAV-CVS) in Montería, Córdoba. Materials and methods. A cross-sectional descriptive observational study was carried out and through non-probabilistic sampling, 44 samples of nasal, oropharyngeal, whole blood and serum swabs were taken. This studio. Molecular detection of SARS-CoV-2 by RT-qPCR and Multi-species Dual Antigen ELISA test for the detection of total antibodies directed against the SARS-CoV-2 nucleocapsid in animals was performed (ID.VET SCREENMR, France). Results. Primate species and genera included: Saguinus oedipus (34%), Cebus capucinus (29,5%), Ateles fusciceps (15,9%), Alouatta seniculus (13,6 %), Ateles hybridus (4,5%) y Aotus griseimembra (2,2%). 59,1% (n=26) were male and 40,86% (n=18) were female. the assessed population corresponded 90,3% to the adult category y 9.7% (n=3) young category. The results of the serological tests and molecular tests were negative for SARS-CoV-2 for all the sampled animals. Conclusions. In the current study, there was no evidence of SARS-COV 2 infection in the evaluated primates under ex situ management. This is the first evidence of SARS-CoV-2 surveillance in neotropical non-human primates in Córdoba, Colombia.eng
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Ciencias Veterinarias del Trópico
dc.description.modalityTrabajos de Investigación y/o Extensión
dc.description.tableofcontents1. INTRODUCCIÓN ........................................................................................16
dc.description.tableofcontents2. ESTADO DEL ARTE..........................................................................................19
dc.description.tableofcontents2. 1 GENERALIDADES Y BIOECOLOGÍA DE LOS PRIMATES ................19
dc.description.tableofcontents2.1.1 Distribución geográfica.........................................................19
dc.description.tableofcontents2.1.2 Clasificación de los primates................................................19
dc.description.tableofcontentsFigura 1. Clasificación de platirrinos y catarrinos..................................................20
dc.description.tableofcontents2.1.2.1 Primates del nuevo mundo.. ..............................................20
dc.description.tableofcontents2.1.3 Diferencias y características entre primates no humanos del viejo y nuevo mundo. .....................................................................21
dc.description.tableofcontents2.2 GENERALIDADES Y BIOECOLOGÍA DE LOS CORONAVIRUS .........23
dc.description.tableofcontents2.2.1 Antecedentes de los coronavirus. .......................................23
dc.description.tableofcontents2.2.1.1 Aparición e identificación de coronavirus humano.........23
dc.description.tableofcontents2.2.1.2 Antecedentes de coronavirus en primates no humanos.24
dc.description.tableofcontents2.2.1.3 Primer reporte de infección por SARS-COV2 en primates neotropicales. .................................................................................25
dc.description.tableofcontents2.2.2 Taxonomía y genoma del SARS-CoV-2................................25
dc.description.tableofcontents2.2.2.1 Estructura genómica.. ........................................................26
dc.description.tableofcontents2.2.3 Patogénesis y Ciclo viral.......................................................27
dc.description.tableofcontents2.2.3.1 Proteína viral S (Spike).......................................................28
dc.description.tableofcontents2.2.4 Epidemiología del SARS-CoV-2............................................30
dc.description.tableofcontents2.2.5 Origen y transmisión de CoVs a humanos..........................30
dc.description.tableofcontents2.2.6 SARS-CoV-2 en animales silvestres.. ..................................31
dc.description.tableofcontents2.2.6.1 Covid-19 y vida silvestre
dc.description.tableofcontents2.2.6.2 Factores ambientales.. .......................................................39
dc.description.tableofcontents2.2.6.3 Susceptibilidad de primates neotropicales al SARS-COV2. ..............40
dc.description.tableofcontents2.2.7 Primates como posibles reservorios de enfermedades emergentes........................40
dc.description.tableofcontents2.2.8 Signos clínicos descritos en primates. v.............................41
dc.description.tableofcontents3. OBJETIVOS.....................................44
dc.description.tableofcontents3.1 GENERALES ...................................................................................44
dc.description.tableofcontents3.2 ESPECÍFICOS ..........................................................................................44
dc.description.tableofcontents4. MATERIALES Y MÉTODOS.....................................................................45
dc.description.tableofcontents4.1 TIPO DE ESTUDIO ..................................................................................45
dc.description.tableofcontents4.2 POBLACIÓN DE ESTUDIO Y LOCALIZACIÓN ....................................45
dc.description.tableofcontents4.3 TOMA DE MUESTRAS PRIMATES NO HUMANOS ............................45
dc.description.tableofcontents4.3.1 Preparación precaptura.....................................................................45
dc.description.tableofcontents4.3.2 Contención física y química. ............................................................46
dc.description.tableofcontents4.3.3 Monitoreo. ...........................................................................................46
dc.description.tableofcontents4.3.4 Toma de muestras.. ..........................................................................46
dc.description.tableofcontents4.4 SEROLOGÍA ...........................................................................................47
dc.description.tableofcontents4.5 EXTRACCIÓN DE ARN .........................................................................48
dc.description.tableofcontents4.6 DETECCIÓN DE LOS GENES E Y N, DE SARS-COV-2......................49
dc.description.tableofcontents4.6.1 Procedimiento RT-qPCR multiplex. (Tabla 8). ...........................50
dc.description.tableofcontents4.6.2 Interpretación de resultados. .....................................................51
dc.description.tableofcontents4.7 PROCEDIMIENTO DE SECUENCIACIÓN. ......................................51
dc.description.tableofcontents4.7.1 Secuenciación de muestras.........................................................51
dc.description.tableofcontents4.8 RECOPILACIÓN DE LA INFORMACIÓN Y ANÁLISIS ESTADÍSTICO ......................52
dc.description.tableofcontents4.9 ASPECTOS ÉTICOS............................................................................52
dc.description.tableofcontents4.10 ASPECTOS LEGALES......................................................................53
dc.description.tableofcontents5. RESULTADOS.....................................................................................54
dc.description.tableofcontents5.1 DISTRIBUCIÓN POR ESPECIE .....................................................54
dc.description.tableofcontents5.2 SEROLOGÍA PARA SARS-COV-2..................................................54
dc.description.tableofcontents5.3 DETECCIÓN DEL GENOMA DE SARS-COV-2 EN PRIMATES ..........55
dc.description.tableofcontents5.4 PROCEDIMIENTO DE SECUENCIACIÓN. ..........................................56
dc.description.tableofcontents5.5 PRESENTACIÓN CLÍNICA DE LOS PRIMATES DEL CAV. ................58
dc.description.tableofcontents5.6 DESTINO DE LOS PRIMATES. ...........................59
dc.description.tableofcontents6. DISCUSIÓN.................................59
dc.description.tableofcontents6.1 Perspectivas sobre el SARS-COV2...............................65
dc.description.tableofcontents7. CONCLUSIONES...........................66
dc.description.tableofcontents8. RECOMENDACIONES .........................67
dc.description.tableofcontentsREFERENCIAS ............................68
dc.description.tableofcontentsANEXOS.........................77
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad de Córdoba
dc.identifier.reponameRepositorio Universidad de Córdoba
dc.identifier.repourlhttps://repositorio.unicordoba.edu.co/
dc.identifier.urihttps://repositorio.unicordoba.edu.co/handle/ucordoba/7947
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad de Córdoba
dc.publisher.facultyFacultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia
dc.publisher.programMaestría en Ciencias Veterinarias del Trópico
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dc.rights.licenseAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
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dc.subject.keywordsCOVID 19
dc.subject.keywordsCebus capucinus
dc.subject.keywordsSaguinus oedipus
dc.subject.keywordsCaptive wild animals
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dc.titleInfección por SARS-COV-2 en un grupo de primates neotropicales bajo el cuidado humano en un centro de manejo ex situ en el departamento de Córdoba, Colombia
dc.typeTrabajo de grado - Maestría
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