Publicación: Validación analítica de enzimas diseñadas in house para la detección molecular de SARS-COV-2 en el departamento de Córdoba
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dc.contributor.advisor | Gastelbondo Pastrana, Bertha Irina | |
dc.contributor.author | Johns Pacheco, Bleydis Johanna | |
dc.contributor.author | Vargas Casarrubia, Luisa Fernando | |
dc.contributor.jury | Calao Ramos, Clelia Rosa | |
dc.contributor.jury | Castro Cavadia, Carlos Javier | |
dc.date.accessioned | 2025-01-29T04:09:02Z | |
dc.date.available | 2026-01-28 | |
dc.date.available | 2025-01-29T04:09:02Z | |
dc.date.issued | 2025-01-28 | |
dc.description.abstract | La pandemia por COVID-19 generó problemas de salud y altas tasas de mortalidad a nivel mundial entre 2020 y 2022. La PCR en tiempo real se consolidó como método estándar para detectar el virus SARS-CoV-2, causante de la COVID-19. Sin embargo, la alta demanda de pruebas causó escasez de kits a nivel global; esta situación dejó al descubierto las limitaciones en el área de salud pública, en países de en vía de desarrollo, como Colombia. En la Universidad de Córdoba se desarrolla un proyecto para crear herramientas diagnósticas y lograr autosuficiencia para la detección molecular de patógenos en la región Caribe, promoviendo la independencia científica y tecnológica; y así conllevar a la detección oportuna en áreas remotas, contribuir al desarrollo sostenible y a la salud pública. Validar en condiciones de laboratorio enzimas diseñadas in house para la detección molecular de SARS-CoV-2 en el departamento de Córdoba. Se hizo necesario plantear un estudio en el cual se realizará un estudio experimental analítico tipo prueba de prueba, que busca validar por medio de la sensibilidad y especificidad, las enzimas in house obtenidas para la detección molecular de SARS-CoV-2 en el departamento de Córdoba en el año 2024. Se buscó desarrollar enzimas in house validadas bajo condiciones de laboratorios; demostrando ser eficaces y precisas a la hora de obtener un resultado confiable para la detección molecular de SARS-CoV-2. La enzima RT diseñada in house es capaz de sintetizar ADN complementario y la Taq polimerasa in house permite el desarrollo de la reacción de RT-qPCR para la amplificación del gen E de SARS-CoV-2. | spa |
dc.description.abstract | The COVID-19 pandemic caused significant health issues and high mortality rates globally between 2020 and 2022. Real-time PCR became the standard method for detecting the SARS-CoV-2 virus, responsible for COVID-19. However, the high demand for testing led to a global shortage of kits, revealing the limitations in public health infrastructure, especially in developing countries like Colombia. At the University of Córdoba, a project is underway to develop diagnostic tools and achieve self-sufficiency in molecular pathogen detection in the Caribbean region, promoting scientific and technological independence. This initiative aims to enable timely detection in remote areas, contributing to sustainable development and public health. To validate in laboratory conditions enzymes developed in-house for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the department of Córdoba. An experimental analytical study was conducted, designed as a diagnostic test validation trial. This study aimed to assess, through sensitivity and specificity, the effectiveness of in-house enzymes for SARS-CoV-2 molecular detection in Córdoba in 2024. The goal was to develop and validate in-house enzymes under laboratory conditions, demonstrating their effectiveness and precision in providing reliable results for SARS-CoV-2 molecular detection. The in-house designed RT enzyme is capable of synthesizing complementary DNA, and the in-house Taq polymerase enables the RT-qPCR reaction for amplification of the E gene of SARS-CoV-2. | eng |
dc.description.degreelevel | Pregrado | |
dc.description.degreename | Bacteriólogo(a) | |
dc.description.modality | Artículo | |
dc.format.mimetype | application/pdf | |
dc.identifier.instname | Universidad de Córdoba | |
dc.identifier.reponame | Repositorio Universidad de Córdoba | |
dc.identifier.repourl | https://repositorio.unicordoba.edu.co/ | |
dc.identifier.uri | https://repositorio.unicordoba.edu.co/handle/ucordoba/8958 | |
dc.language.iso | spa | |
dc.publisher | Universidad de Còrdoba | |
dc.publisher.faculty | Facultad de Ciencias de la Salud | |
dc.publisher.place | Monterá, Cordoba, Colombia | |
dc.publisher.program | Bacteriología | |
dc.relation.references | 1. Alcántara, R., Peñaranda, K., Mendoza-Rojas, G., Nakamoto, J. A., Martins-Luna, J., del Valle-Mendoza, J., Adaui, V., & Milón, P. (2021). Unlocking SARS-CoV-2 detection in low- and middle-income countries. Cell Reports Methods, 1(7), 100093. https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2021.100093 | |
dc.relation.references | 2. Abner Julián Márquez-Fernández1, 2, Angel Ramos-Ligonio1,2 y Aracely López-Monteon1,2. (n.d.). VALIDACIÓN DE LAS PRUEBAS DE DIAGNÓSTICO DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS DE ANIMALES TERRESTRES. 2018. Retrieved August 5, 2024, from https://www.woah.org/fileadmin/Home/esp/Health_standards/tahm/1.01.06_Validaci%C3%B3n.pdf | |
dc.relation.references | 3. Andrés González1, y María F. Fillat2, 3. (2018). ASPECTOS METODOLÓGICOS DE LA EXPRESIÓN DE PROTEÍNAS RECOMBINANTES EN Escherichia coli. 14–27 | |
dc.relation.references | 4. Bustin SA 2000 Cuantificación absoluta de ARNm mediante ensayos de reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa en tiempo real. Revista de Endocrinología Molecular 25 169 –193. | |
dc.relation.references | 5. Bachman, J. (2013). PCR con transcripción inversa (RT-PCR). ELSEVIER, 67-74. | |
dc.relation.references | 6. Bustin, SA, Benes, V., Nolan, T. y Pfaffl, MW (2005). RT-PCR cuantitativa en tiempo real: una perspectiva. Revista de Endocrinología Molecular, 34 (3), 597-601. Obtenido el 8 de junio de 2024 de https://doi.org/10.1677/jme.1.01755 | |
dc.relation.references | 7. Fernández, M. (2021). La biotecnología en tiempos de pandemia: lecciones y desafíos. Revista de Salud Pública, 35(2), 123-135. | |
dc.relation.references | 8. García, J. (2020). Desarrollo económico a través de la biotecnología en América Latina. Revista de Economía y Negocios, 28(1), 45-60 | |
dc.relation.references | 9. Gómez, R. (2022). Innovación y transferencia tecnológica en la región Caribe. Revista de Ciencia y Tecnología, 12(3), 98-110. | |
dc.relation.references | 10. Guillén, M. V. L. (2009). Estructura y propiedades de las proteínas. Obtenido de http://www. uv. es: http://www. uv. es/tunon/pdf_doc/proteinas_09. pdf. 34p | |
dc.relation.references | 11. Hurtado, L., Díaz, D., Escorcia, K., Flórez, L., Bello, Y., Díaz, Y., Navarro, E., Pacheco, L. C., Galán, N., Maestre, R., Acosta, A., & Pacheco, L. A. (2022). Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2. Biomédica, 42(Sp. 2), 59–72. https://doi.org/10.7705/biomedica.6523 | |
dc.relation.references | 12. Instituto Nacional de Salud. (2023). Capacidades de laboratorio y respuesta a emergencias de salud pública en Colombia. https://www.ins.gov.co | |
dc.relation.references | 13. Langa, L. S., Sallent, L. V., & Díez, S. R. (2021). Interpretación de las pruebas diagnósticas de la COVID-19. FMC - Formación Médica Continuada En Atención Primaria, 28(3), 167–173. https://doi.org/10.1016/j.fmc.2021.01.005 | |
dc.relation.references | 14. Madigan, M.T. Bender, K.S, Buckley, D.H, Sattley, W.M & Stahl. (2018). Brock biology of microorganisms. 15th edition. | |
dc.relation.references | 15. Masateru Takahashi, Muhammad Tehseen, Rahul Salunke, Etsuko Takahashi, Sara Mfarrej, Mohamed A. Sobhy, Fatimah S. Alhamlan, Sharif Hala, Gerardo Ramos-Mandujano, Ahmed A. Al-Qahtani, Fadwa S. Alofi, Afrah Alsomali, Anwar M Hashem, Asim Khogeer, Naif AM Almontashiri, Jae Man Lee, Hiroaki Mon, Kosuke Sakashita, Mo Li, Takahiro Kusakabe, Arnab Pain y Samir M. Hamdan ACS Omega 2021 6 (11), 7374-7386. | |
dc.relation.references | 16. Martín-Alonso, S., Frutos-Beltrán, E., & Menéndez-Arias, L. (2021). Reverse Transcriptase: From Transcriptomics to Genome Editing. Trends in Biotechnology, 39(2), 194–210. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2020.06.008 | |
dc.relation.references | 17. Oliva Marín, J. E. (2020). SARS-CoV-2: origen, estructura, replicación y patogénesis. Alerta, Revista Científica Del Instituto Nacional de Salud, 3(2). https://doi.org/10.5377/alerta.v3i2.9619 | |
dc.relation.references | 18. Organización Mundial de la Salud. (2021). Pruebas diagnósticas para el SARS-CoV-2: orientaciones provisionales, 11 de septiembre de 2020. https://apps.who.int/iris/handle/10665/33583 | |
dc.relation.references | 19. Palacio Rua, K., García Correa, J. F., Aguilar-Jiménez, W., Afanador Ayala, C., Rugeles, M. T., & Zuluaga, A. F. (2022). Validación de una técnica de PCR dúplex usando el gen E y RNasa P para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica, 40(8), 428–435. https://doi.org/10.1016/j.eimc.2020.12.014 | |
dc.relation.references | 20. Pérez AMR, Gómez TJJ, Dieguez GRA. Características clínico-epidemiológicas de la COVID-19. Revista Habanera de Ciencias Médicas. 2020;19(2):1-15. | |
dc.relation.references | 21. Possebon, F. S., Ullmann, L. S., Malossi, C. D., Miodutzki, G. T., da Silva, E. C., Machado, E. F., Braga, I. S., Pelaquim, I. F., & Araujo Jr., J. P. (2022). A fast and cheap in-house magnetic bead RNA extraction method for COVID-19 diagnosis. Journal of Virological Methods, 300, 114414. https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2021.114414 | |
dc.relation.references | 22. Guevara-Hernández, E., Aa, L.-Z., Lr, J.-G., & Rr, S.-M. (n.d.). PERSPECTIVAS ACTUALES DEL USO DE PROTEÍNAS RECOMBINANTES Y SU IMPORTANCIA EN LA INVESTIGACIÓN CIENTÍFICA E INDUSTRIAL CURRENT PERSPECTIVES ON THE USE OF RECOMBINANT PROTEINS AND THEIR IMPORTANCE IN SCIENTIFIC AND INDUSTRIAL RESEARCH. www.biotecnia.uson.mx | |
dc.relation.references | 23. Ginzinger DG 2002 Cuantificación de genes mediante PCR cuantitativa en tiempo real: una tecnología emergente que llega a la corriente principal. Hematología experimental 30 503 –512. | |
dc.relation.references | 24. Grilli, M. (2020). Eficacia de una prueba diagnóstica. Revista Fasgo. | |
dc.relation.references | 25. López, A., & Pérez, S. (2018). Biodiversidad y biotecnología en el Caribe: un potencial por explorar. Journal of Biotech Research, 15(4), 234-245. | |
dc.relation.references | 26. Rodríguez, M., & Torres, E. (2020). Enzimas recombinantes y su impacto en la salud pública. Revista Médica de Investigación, 29(5), 567-580. | |
dc.relation.references | 27. Rojas-Serrano, N., Lope-Pari, P., Huaringa-Nuñez, M., Marques Simas, P. V., Palacios-Salvatierra, R., Balbuena-Torres, J., ... & Padilla-Rojas, C. (2022). Validación y evaluación de una prueba de RT-PCR en tiempo real in house para la detección de SARS-CoV-2 usando un gen específico RdRp y control endógeno GAPDH. Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, 38, 595-600. | |
dc.relation.references | 28. Saladrigas, V., & Claros, G. (2002). Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular. Panace, 3(9-10), 13 | |
dc.relation.references | 29. Sergio Yebrail Gómez Rangel, L. C. P. H. A. M. R. T. et al. (2020). Protocolo de verificación (validación secundaria) para pruebas moleculares de PCR en tiempo real (RT-qPCR) para la detección del SARS-CoV-2. Tomado el 06 de agosto del 2024. https://www.saludcapital.gov.co/CTDLab/Publicaciones/2021/Protocolo_verifi_RT_PCR_SARS_CoV-2.pdf | |
dc.relation.references | 30. Smith, J., & Jones, P. (2019). Recombinant enzyme production: Techniques and applications. Biotechnology Advances, 36(6), 2345-2356. | |
dc.relation.references | 31. Sridhar, S., Forrest, S., Kean, I., Young, J., Bartholdson Scott, J., Maes, M., Pereira-Dias, J., Parmar, S., Routledge, M., Sparkes, D., Rivett, L., Dougan, G., Weekes, M., Curran, M., Goodfellow, I., & Baker, S. (2020). A blueprint for the implementation of a validated approach for the detection of SARS-Cov2 in clinical samples in academic facilities. Wellcome Open Research, 5, 110. https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15937.2 | |
dc.relation.references | 32. Ruiz, J., & Cáceres, C. (2006). “Revisión de los artículos pediátricos de mayor impacto y de conocimiento imprescindible para el pediatra de Atención Primaria.” www.aepap.org | |
dc.relation.references | 33. Tamay de Dios, L., Ibarra, C., & Velasquillo, C. (2013). Fundamentos de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y de la PCR en tiempo real. Investigación en discapacidad, 2(2), 70-78 | |
dc.relation.references | 34. Tapia Clemente, F. G. (2023). Taq polimerasa: historia, características, características y aplicaciones. Colección de ESMOS (ESMOS). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7689901 | |
dc.relation.references | 35. Turvey, M. W., Gabriel, K. N., Lee, W., Taulbee, J. J., Kim, J. K., Chen, S., Lau, C. J., Kattan, R. E., Pham, J. T., Majumdar, S., Garcia, D., Weiss, G. A., & Collins, P. G. (2022). Single-molecule Taq DNA polymerase dynamics. Science Advances, 8(10). https://doi.org/10.1126/sciadv.abl3522 | |
dc.relation.references | 36. Vizcaíno Salazar G. (2017). Importancia del cálculo de la sensibilidad, la especificidad y otros parámetros estadísticos en el uso de las pruebas de diagnóstico clínico y de laboratorio file:///C:/Users/ASUS/Downloads/importancia-calculo-sensibilidad-y-especifidad.pdf | |
dc.rights | Copyright Universidad de Córdoba, 2025 | |
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dc.rights.license | Atribución-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) | |
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dc.subject.keywords | Validation | |
dc.subject.keywords | SARS-CoV-2 | |
dc.subject.keywords | In-house | |
dc.subject.keywords | RT-qPCR | |
dc.subject.keywords | RT | |
dc.subject.keywords | Taq polymerase | |
dc.subject.keywords | Enzymes | |
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dc.subject.proposal | SARS-CoV-2 | |
dc.subject.proposal | In house | |
dc.subject.proposal | RTqPCR | |
dc.subject.proposal | RT | |
dc.subject.proposal | Taq polimerasa | |
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dc.title | Validación analítica de enzimas diseñadas in house para la detección molecular de SARS-COV-2 en el departamento de Córdoba | spa |
dc.type | Trabajo de grado - Pregrado | |
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