Las Microcistinas (MC) son hepatotoxinas producidas por cianobacterias, responsables de eventos de intoxicación, constituyendo un factor de riesgo para la salud. Estas toxinas son absorbidas por los Peces a través del flujo sanguíneo, distribuyéndose en las Branquias, el Hígado y músculo, causando alteraciones histológicas. Con el objetivo de determinar las alteraciones histológicas asociadas con MC en Branquias e Hígado en Bocachico (Prochilodus magdalenae) del Complejo Cenagoso del Bajo Sinú, Córdoba (CCBS) Colombia, una muestra de 113 peces fue seleccionada aleatoriamente entre septiembre de 2017 y marzo de 2018 en las Ciénagas San Sebastián y Momil. Mediante la técnica histológica libre de xilol, se prepararon cortes histológicos de 4 µm de Tejido Branquial y Hepático, teñidos con coloración estándar de hematoxilina y eosina (H&E), y estudiados al Microscopio Óptico a 40X y 100 aumentos. De los hallazgos histológicos, se determinó la frecuencia de aparición y grado de severidad de alteraciones no específicas y específicas para intoxicación por MC, considerando la cobertura y frecuencia de aparición como: eventual (grado I), leve (grado II), grave (III) y severo (grado IV). Las variables temperatura (TºC), conductividad (µS.cm-1) pH, Oxígeno disuelto (OD mg.l-1) y transparencia (cm) fueron registradas in situ. Cien por ciento de los peces presentaron alguna alteración histológica en Branquias e Hígado, de las cuales 57% correspondieron a cambios específicos para MC. En el Tejido Branquial, seis (6) tipos de alteraciones se presentaron entre el 13% y 34% de las muestras, con grados de severidad III y IV. Hiperemia (34%), atrofia (26%) fusión de lamelas (20%) y pérdida de función lamelar (16%), fueron los más representativos. Por su parte, en el tejido hepático, entre 13% y 44% de las muestras presentaron alguna de las alteraciones específicas reconocidas, siendo degeneración plumosa (42%), vacuolizacion (23%), necrosis (21 %) y hepatocitos binucleados (17%), los hallazgos más importantes con grados de severidad III y IV. En relación a las variables ambientales, la temperatura promedio del agua en las estaciones, durante el estudio estuvo en 29,7 ºC ± 0,9 ºC en San Sebastián y 31,18 ºC ± 0,71 ºC en Momil, con diferencia significativa (p<0,05) entre las estaciones. El Indice de Estado Trófico (TSI) del ecosistema San Sebastián se estimó en 73,2 y Momil en 75,9, correspondiendo a ecosistemas eutróficos, lo que explica un ambiente apto para la proliferación de cianobacterias potencialmente tóxicas. Se evidenció una alta prevalencia de lesiones histológicas severas en branquias e hígado asociadas a intoxicación por MC, las cuales se incrementaron en el período de aguas altas en ambos sitios de muestreo, confirmando que las condiciones ambientales y el estado trófico TSI, constituyen factores de riesgo de daño orgánico de los bocachicos.