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Las enfermedades transmitidas por el agua representan un gran problema a la salud pública, siendo las causantes de altos índices de morbi-mortalidad en los seres humanos, éstas se dan por la presencia de bacterias, virus y protozoos, muchas veces dichos microorganismos resisten los procesos físico-químicos a los cuales es sometida el agua para su potabilización; por eso se buscó detectar a través de técnicas moleculares la presencia de comunidades microbianas en agua potable para el consumo humano en el municipio de Sincelejo, Sucre-Colombia. Para dicho estudio, se analizaron conductas y prácticas como (presencia de animales domésticos, almacenamiento del agua de consumo, frecuencia de lavado de recipientes y tratamiento antes de consumir el agua), se colectaron 84 muestras de forma aleatoria entre todas las comunas del municipio las cuales fueron sometidas a extracción de ADN por el método fenol-cloroformo y amplificación del fragmento 16S rARN y 18S rRNA mediante PCR para la detección de bacterias y protozoos respectivamente. Del total de muestras analizadas en tres se detectó ADN bacteriano, por lo que dichas muestras fueron enviadas a secuenciar para así lograr identificar clones de bacterias no cultivados, la detección de protozoarios no se pudo establecer. Para concluir, los factores de riesgos analizados se pueden relacionar con la presencia de bacterias y las técnicas moleculares como la PCR y la secuenciación son de gran ayuda al momento de identificar pequeños fragmentos de ADN en el agua como muestra de análisis.