Martinez Bravo, Caty MilenaGastelbondo Pastrana, Bertha IrinaEcheverri De la Hoz, Daniel Mauricio2024-07-102025-07-102024-07-102024-07-10https://repositorio.unicordoba.edu.co/handle/ucordoba/8368Los murciélagos son un grupo de mamíferos caracterizados por albergar patógenos de importancia en salud pública y animal. A pesar de ser caracterizados como un grupo taxonómica de vigilancia epidemiológica, el surgimiento del nuevo influenza virus de murciélagos y la reciente pandemia del COVID-19 causada por el SARS-CoV-2, aumentó el interés de los investigadores en comprender el papel de estos mamíferos en el mantenimiento y circulación de dichos virus. El objetivo de este estudio fue caracterizar la diversidad genética de coronavirus e influenza virus en murciélagos de los departamentos de Córdoba y Bolívar, Colombia. Se procesaron 106 animales para la detección molecular de coronavirus e influenza. Quince muestras fueron secuenciadas por RNA-Seq (NGS). Se obtuvo el genoma completo de un coronavirus y un influenza virus. Los análisis filogenéticos y reloj molecular indican que se trata de un nuevo virus del género Alphacoronavirus altamente divergente que proviene de un nodo ancestral. Mientras que, el influenza virus está asociado a los influenza A virus de murciélagos descritos anteriormente. En el análisis de la arquitectura antigénica, la proteína Spike del AlphaCov muestra similitud con TGEV y HCoV-229E con capacidad de unirse al CD13 de humanos y porcinos. La neuraminidasa del influenza A virus presenta cambios antigénicos en el sitio putativo de unión que le permite unirse al HLA-DR de murciélagos, lo que sugiere que recupera su actividad catalítica. Este es el primer estudio de caracterización filogenética, evolutiva y antigénica de coronavirus e influenza virus en murciélagos de Colombia.Bats are a group of mammals characterized by harboring pathogens of importance in public and animal health. Despite being characterized as a taxonomic epidemiological surveillance group, the emergence of the new bat influenza virus and the recent COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2, increased the interest of researchers in understanding the role of these mammals in the maintenance and circulation of these viruses. The objective of this study was to characterize the genetic diversity of coronaviruses and influenza viruses in bats from the departments of Córdoba and Bolívar, Colombia. We process 106 animals for the molecular detection of coronavirus and influenza. Fifteen samples were sequenced by RNA-Seq (NGS). The complete genome of a coronavirus and an influenza virus was obtained. Phylogenetic analyses and molecular clock indicate that it is a new virus of the genus Alphacoronavirus, highly divergent, that comes from an ancestral node. Influenza viruses are associated with the influenza A bat viruses described above. In the analysis of the antigenic architecture, the AlphaCov Spike protein shows similarity to TGEV and HCoV-229E with the ability to bind to CD13 from humans and pigs. The neuraminidase of influenza A virus exhibits antigenic changes at the putative binding site that allows it to bind to bat HLA-DR, suggesting that it regains its catalytic activity. This is the first study of phylogenetic, evolutionary and antigenic characterization of coronaviruses and influenza viruses in bats in Colombia.1. Introducción...132. Objetivo general...172.1 Objetivos específicos...173. Marco conceptual...183.1 Caracteríticas generales de los murciélagos...183.2 Los murciélagos como reservorios de patógenos virales emergentes y reemergentes...183.3 Virus en murciélagos del nuevo mundo...213.3.1 Coronavirus en murciélagos...233.3.2 Influenzavirus en murciélagos...263.4 Caracterización genética de los virus en murciélagos...293.5 El sistema inmune de los murciélagos en la conservación y trasmisión de los virus...303.6 Factores asociados al contacto murciélago-humano y la diseminación de virus patógenos...314. Materiales y métodos...334.1 Ubicación y tipo de estudio...334.2 Tipo de muestra...334.3 Componentes éticos...334.4 Metodología para el cumplimiento del objetivo específico 1...344.4.1 Extracción de material genético...344.4.2 Identificación molecular...354.5 Metodología para el cumplimiento del objetivo específico 2...364.5.1 Secuenciación de Nueva Generación (NGS)...364.5.2 Análisis bioinformático...374.5.2.1 Procesamiento de secuencias...374.5.2.2 Recuperación de genomas y análisis filogenético...384.5.3 Reconstrucción filogenética y estimación del ancestro común más cercano (TMCRA)...384.6 Metodología para el cumplimiento del objetivo específico número 3...394.6.1 Modelamiento de la estructura antigénica...394.6.1.1 Obtención de modelos 3D...394.6.1.2 Predicción de epítopos predichos...394.6.2 Docking molecular (proteína-proteína)...404.7 Metodología para el cumplimiento del objetivo específico número 4....404.7.1 Estrategias de difusión...404.7.1.1 Población...404.7.1.2 Diseño y ejecución de las estrategias de difusión...415. Resultados....425.1 Resultados relacionados con el cumplimiento del objetivo específico número 1...425.1.1 Extracción de material genético y detección molecular...425.2 Resultados relacionados con el cumplimiento del objetivo específico número 2...445.2.1 Secuenciación y análisis bioinformático ....445.2.1.1 Optimización de muestras para obtención de genomas de CoV...455.2.1.2 Optimización de muestras para secuenciación de genoma de IV...455.2.2 Análisis filogenético....465.2.2.1 Coronavirus....465.2.2.2 Influenza A virus...505.2.3 Determinación del ancestro común más cercano (TMCRA)...525.2.3.1 Coronavirus...525.2.3.2 Influenza A virus ...535.3 Resultados relacionados con el cumplimiento del objetivo específico 3...545.3.1 Modelamiento de la proteína de la espícula (S) de coronavirus...545.3.1.1 Docking molecular...575.3.2 Modelamiento de la neuraminidasa (N) de Influenza A virus...595.3.2.1 Docking molecular...635.4 Resultados relacionados con el cumplimiento del objetivo específico 4...635.4.1 Comunidades rurales...635.4.2 Población estudiantil...656. Discusión...667. Conclusiones...748. Recomendaciones...759. Glosario...7510. Referencias...7611. Anexos...93application/pdfspaCopyright Universidad de Córdoba, 2024Trabajo de grado - MaestríaAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)info:eu-repo/semantics/embargoedAccessVirusMurciélagos neotropicalesCaribe ColombianoZoonosisVirusesNeotropical batsColombian CaribbeanZoonosisUniversidad de CórdobaRepositorio Universidad de Córdobahttps://repositorio.unicordoba.edu.cohttp://purl.org/coar/access_right/c_f1cf